Esta investigación gira en torno a un programa que el Negociado Federal de Investigaciones (FBI) aplicó en Puerto Rico desde 1960 hasta 1971. El programa se desarrolló en el contexto de la Guerra Fría. COINTELPTO, acrónimo para programa de contrainteligencia, fue un mecanismo que la inteligencia del FBI desarrolló en el sentido doméstico. El propósito de este trabajo es identificar cuáles fueron los antecedentes de la aplicación de COINTELPRO en Puerto Rico. De igual forma, investigar y analizar la aplicación del programa en Puerto Rico. Cuando hablamos de hacer un análisis a la aplicación del programa, nos referimos a las distintas técnicas y métodos que el FBI empleó contra la sociedad puertorriqueña. Dicho análisis implica la identificación de agentes, los grupos perseguidos y algunos casos particulares que se suman a la lista de ejemplos. También interpretamos las intenciones de los actos del FBI a la luz de los documentos investigados sin abandonar el tema de la resistencia que diversos grupos y sectores llevaron a cabo durante ese periodo de persecución política.